尽管杨秀清的努力值得尊敬，但他的决策仍受限于拜上帝教的框架之内。这一基本国教为洪秀全和杨秀清等人提供了权力合法性的源泉，难以发生根本变革。太平天国始终难以真正赢得民心。杨秀清的改良本质上只是对正常秩序的恢复，并未提出超越大清的经济和政治理念。
杨秀清面临着无法克服的难题，那就是权力斗争中的内讧和分裂。洪秀全、杨秀清、韦昌辉、石达开等人均拥有宗教身份，他们的地位不可动摇且世袭，使得权力斗争难以通过和平手段解决。太平天国的悲剧在于，王杀王的冲突无法避免。
杨秀清对国际形势的认知也显得相当局限。他对洋人的无知，使他无法像辛亥年一样争取洋人的长期中立，也无法正确处理国际关系。他无法躲避，也无法击败中外敌人的联合绞杀。
尽管杨秀清颇具天赋和才干，但与历史上的伟大君王如刘邦、李世民、朱元璋相比，仍有差距。他与古代贤臣如刘基也不是一回事。他难以凭借高于大清的军事能力和政治主张来取得胜利，也无法避免太平天国的惨烈内讧。
历史的发展往往是必然与偶然交织。太平天国无法成事是历史的必然，而杨秀清无法改变这一命运也是历史的必然。他的局限性不仅在于内部权力的斗争，更在于对外部世界的无知和误解。这使得他无法正确处理与外部的关系，最终导致了太平天国的失败。